Sin tener más información de tu problema:
Puedes utilizar un contador de esta tarjeta, o si la frecuencia a medir es muy alta puedes utilizar dos contadores para realizar esta operación, en el manual del usuario de esta tarjeta está bien documentado como realizar esta operación y LabView tiene ejemplos con los que puedes hacer pruebas mientras desarrollas un programa que se adecue a tus necesidades.
Para responder a tu prengunta más concretamente, utilizas la entrada del contador gate, esto siempre y cuando tu señal sea TTL, porque si proviene de un sensor pasivo por ejemplo, no es posible conectarla directamente, necesitas utilizar un acondicionador de señal, pero si es este el caso es más sencillo utilizar un convertidor de frecuencia a voltaje y conectarlo a una entrada analógica.
Anto.
