Ya checaste que tu problema no sea de ruido? Para mediciones de ese tipo debes estar usando un filtro pasabajos para eliminar el ruido además de una etapa de amplificación (usando un amplificador de instrumentación, un simple opamp no sirve). Yo hice un electrocardiógrafo y necesité de ambas etapas para lograr leer la señal antes de enviarla a la tarjeta de adquisición de datos, que en este caso sería tu PIC. Te sugiero que antes de enviar la señal al puerto, te asegures usando un osciloscopio que la señal que necesitas está verdaderamente siendo transmitida.
Ahora bien, si ya checaste todo eso, y aún no funciona adecuadamente, entonces quizá tengas un problema de Aliasing debido a tu conversión analógica a digital, en cuyo caso también se necesita un filtro pasa bajos.
