まず私のスキル向上のために(´・ω・)
入力の最大、最小を0.2Vにして、作動構成にして、連続収集に改造したら、効果は上がったという理解でよろしいでしょうか？（vi開くとデフォルト値が前のままの±5Vのデフォルト構成のままだったので。。）
本題になりますが、この現象はプログラムの問題ではない気がします。かなり小さい電圧値なので、ここまでくると測定回路などの環境要因が大きく影響していると思います。
プログラムの話じゃないので、本業じゃなくコメントの信頼性には欠けますが、私なら以下の確認すると思います。
〇デジタルマルチメータの値は差し当たって信用しない。
〇連続収集で見られるように改造できているので、平均前の連続波形をグラフに表示してみる（ノイズとかふらつきとか生波形を見てみる）
〇ハイインピーダンス入力の波形測定機、理想は作動入力のオシロで見てみる。（第三の観測者）これとDMM、DAQとの違いを確認
〇DMM測定中にオシロを並列につないで波形が変わるか？DAQ測定中にオシロを並列つないで波形が変わるか？
これは測定環境の相関の話のようです。安定して測定するために計測値の電流をもっと流せないのでしょうかね。
