Real-time 2009から分散システムマネージャに統合されました。プロジェクトエクスプローラからではなく、スタートメニューから起動することになります。またその際にRT側にSystem State Publisherが必要になります。
Why Are CPU and Memory Usage Not Visible in Distributed System Manager?
http://digital.ni.com/public.nsf/allkb/FA5C65FF5645FA5A862575D30029B6E4
プログラム的にCPU使用率を取得する方法は従来どおりなので、デバッグ用にはそれらの関数を使うのも良いかと思います。どのみち高優先度ループがRTを乗っ取ってしまうような状況ではCPU情報などは出てこないはずですので。
よろしくお願いします。