熱電対は、異なる2種類の金属線の一端を連結し、そこと他端との温度差に起因する微小な熱起電力を測定するものなので、2本の線同士が途中で導通しないようにしないといけないし、線や測温部位が別の金属と電気的に導通しないようにしなければなりません。電気的に浮いた金属ならいいかも知れませんが・・・
「600Vが直接印加される部位」ということは、やはり金属むき出しでしょうか？ もし金属なら、そのままそこに熱電対を接触させたら、当然熱電対の線に600Vが印加されてしまいますので、600Vで十分絶縁できる絶縁体を取り付けてそこに熱電対を触れさせることになると思います。（真の電極温度とは違ってきますが、仕方ない？）
いつも600Vぐらいが印加されているなら直流的に1kVくらい絶縁できれば良いですが、パルスだと、パルスの瞬間は交流とみなせるので、パルス幅が短かったり周波数が高かったりすると絶縁体でも多少影響するかも知れません。セラミックスや、高圧同軸ケーブル材と同等なものなどで数mmあれば大丈夫・・・？ もっとも、完全に絶縁できても、パルス印加の瞬間に電源からノイズが入ったりしそうですが、その場合はパルスとパルスの間で計測すれば良いかと。
熱電対によっては、むき出しでなくシースの中に完全に入ったものもありますが、充填材が600Vの高圧に絶えられるかは少々疑問なので（あくまで参考例ですが、絶縁のための酸化マグネシウムを充填したH社製シース熱電対で、外径1.6mm以下で耐電圧100VAC/1分、外径8mmφで耐電圧500VAC/1分、など）、やはり高電圧に対して絶縁できる部材を取り付けた上でそこに熱電対をつけるのが良いように思います。
