ダイナミックデータでの条件を基にケースストラクチャにしている・・・んですね。
直前で不等号の関数を使用しているのでFALSEやTRUEに変換してますがダイナミックデータは基本的に波形データ（複数のデータ点になります）を扱うので
どういった場合にFALSEか、TRUEかを扱いづらくなるような気がします。
まぁここは本題とはずれているのでまた別の機会に・・・。
データが正しく入らない可能性があると感じたのは、実行順番が指定されていないためです。「保存」という動作と、「DAQアシスタントからのデータをもとに転置配列のデータを得る」
という動作は順番が指定されていないので、おそらくは保存の動作が後に来るのが望ましいと思います（そして現状はほとんど保存が後に来ているとは思いますが）が、この順番が
保証されていないために、ごくまれに「保存が先に行われる」という動作になってしまう可能性があると思います。例え何千回、いや何万回に一回という確率であっても、いやですよね。
（しかもいつなるかわからない、なっても気づかないという可能性もあるかもしれないです）
私が勘違いをしているかもしれませんが、「ループ終了なっても、やはり計測ボタンは押されたままになってしまいます・・・」は、特定のループの終了のことを
おっしゃっていますか？あるいはプログラム自体の終了のことをおっしゃっているでしょうか？後者だとしたら、計測ボタンがFALSEに戻らないということはないと思うのですが・・・。
あと、計測停止ボタンは貼っていただいたプログラムだと表示器（計測ボタン.viの出力を表示）になっていますが、それでigaguriさんが意図された通りになっているのかも気になりました。
停止ボタンはフロントパネルでユーザーが押して停止させるという動作であることが多いと思いますがいかがでしょう？
