Hola Dianis!!
Gracias por utilizar los foros de National Instruments
Usuarios anteriores de los foros de NI han hecho aplicaciones similares a la tuya. Te envío el link al foro donde estuvieron trabajando ya que te podría ser de mucha ayuda.
Te comento también que si tienes acceso a LabVIEW puedes utilizar el MathScript Node donde puedes insertar tu código MATLAB®. Y a partir de ahi la configuración para prender o apagar las salidas digitales es sumamente sencillo.
Sin más por el momento me pongo a tu disposición.
Coamín Cruz
AELatam