Te refieres a que cuando cargues el VI, el programa solo se ejecute despues de que le des click a un botón de "run" en el panel frontal?
Esto se logra facilmente con una maquina de estados en la cual el primer estado sea esperar a que se le dé click al botón "run" y una vez que le das click, se continúe con el siguiente estado, que sería correr la aplicación.
Estás familiarizado con el tema de máquinas de estados?
La arquitectura de un estado de espera sería muy similar si quieres uqe se active algo con una señal digital.
