Hola Fabian0303,
Ciertamente 14 horas es un tiempo considerable para tu adquisición. Me parece sería valioso nos compartieras la frecuencia a la que estás tomando los datos de voltaje y corriente en tu aplicación. Te recomiendo le eches un vistazo a los siguientes dos recursos, de tal suerte que puedas mejorar tu aplicación y realices ésta operación de manera exitosa:
En primer lugar, en vez de utilizar archivos de excel, los cuales, como bien dices, son muy pesados ya que no están diseñados para éste tipo de aplicaciones, ves la posibilidad de cambiarlos por un tipo TDMS, los cuales son soportados de manera nativa por National Instruments y cuentan con las caracterísitcas más adecuadas para utilizarse con DAQmx.
Por otro lado, sugerirte realizar el procesamiento a la par de tu adquisición, implementando una escructura de tipo productor-consumidor, que te permita evitar tener que cargar en memoria todos los datos de los archivos (o el archivo) y procesarlos en lote.
Un saludo!