EXEファイルで開かれても何もしない、ということはありえないと思います。あらゆるアプリケーションは開かれると何らかの処理を行うものです。例えばエクセルを開くと最初の画面を表示する処理がなされ、ユーザーが何もしなければ何も変化しません。が、処理としてはキーボードが押されたか、マウスが動かされたかを常時モニタし、変化してもいない画面をリフレッシュするという処理をし続けています。開かれても何もしないのであれば、初期画面も表示しないということになります。
恐らく、貴方が実現したいのは、ユーザーが何か操作をするまで待機している、ということではありませんか。だとすれば、ブロックダイアグラムの最初にWhileループをおいて、停止ボタンを押すとWhileループが終了して処理が始まるというようにすると良いでしょう。一番最初にWhileループを実行させる方法はWhileループの中にエラー定数でもおいて、処理する関数のエラー入力をこのエラー定数に接続すると、エラー配線された関数はWhileループが終わるまで実行されません。全ての関数のエラー入出力を直列に配線すると関数の実行順位を決めることも出来ます。
もう一つの方法はシーケンスストラクチャで最初のフレームにこのWhileループを入れておくという方法です。この場合次に述べる待機関数以外を入れる必要はありません。
なお、Whileループの中には待機関数を配置して数ミリ秒、待機させるようにしてください。でないとWhileループが間断なく回ってCPU負荷が極端に上がって、キー入力やクリックが中々認識されない状態になります。
