Que tal GuillermoLP,
Te comento que dentro de la configuración del Express VI "Write to Measurement File", se tiene la opción de "Save to one file" y se puede seleccionar que en caso de que el archivo exista se agregue la información nueva mediante la opción "Append to file". Te comparto una captura de pantalla con esta configuración.
Por otro lado. como comentario acerca de la programación observo que estas utilizando una estructura de secuencias para definir una serie de pasos en tu código. Aquí quisiera recomendarte un patrón de diseño llamado Máquina de Estados la cual es una mejor práctica de programación ya que resuelve problemas ligados con la estructura de secuencias como por ejemplo el querer salirte de la secuencia en un paso intermedio. Además de que el código al utilizar máquinas de estados se vuelve más legible y fácil de agregar nueva información. Por favor revisa el siguiente tutorial y cualquier detalle quedo al pendiente. Exito en el desarrollo de tus aplicaciones.
Tutorial: State Machines
Saludos!
Antonio S.
Applications Engineer - NI Mexico