Hola Chispas para reiniciar el contador de tu tarjeta la única forma de hacerlo es deteniendo el Task y volviéndolo a iniciar. Hay un ejemplo para reiniciar el contador en esta dirección:
DAQmx: Count Digital Events with Option to Reset Counter
Ya para contar el tiempo podrías utilizar el VI de Enlapsed time y con ese fijarle cada cuanto quieres que se reinicie.
La otra opción es que utilices un shift register para guardar en que valor estaba el contador cuando paso el minuto y hacer la resta al valor actual del contador.
Saludos
Benjamin C
Principal Systems Engineer // CLA // CLED
