Hola demontesk,
básicamente tiene que ver con la forma en que LabVIEW compila los Math Scripts, entre más grande es el Script (numero de líneas u operaciones) mucho más tiempo le toma a LabVIEW compilarlo, es por lo mismo que "deja de funcionar". Lo que puedes hacer es partir tu código en varios scripts y puedes compartir tus variables con el comando Global.
Por otra parte, ¿cuál es el motivo de usar Math Script para generar la señal si ya cuentas con los valores en el arreglo?
Si gustas, platícame un poco más del propósito de tu aplicación para que pueda sugerirte otra técnica de programación.
Saludos.
Arturo Gómez | Applications Engineering
Certified LabVIEW Associated Developer
National Instruments Latin America
01-800-010-0793
ni.com/support