Adquisicion de datos se ralentiza al usar simultaneamente otro VI.

[Anomander]

Buenas, para empezar soy bastante novato en el mundo de LabView y tengo muchas dudas por lo cual pido un poco de ayuda y que sean magnanimos conmigo.

Hay va mi problema principal:

Tengo dos instrumentos, los cuales he de sincronizar. Cada instrumento es de un fabricante y tiene sus propias librerias de LabView de las cuales dispongo. Dispongo de dos VI de ejemplo que me pueden servir tras hacer algunas modificaciones. Uno de estos programas toma un vector de datos correspondiente a una camara a la cual llegan fotones. Se quiere recoger cuentas de fotones en un tiempo de exposicion determinado de la camara. El otro VI lo que hace es hacer un Scanneo sobre una muestra de cierto tamano. Se puede elegir el numero de puntos que tendra el escaneo y cuanto tiempo se esta situado sobre cada punto. Lo que se pretende es hacer un average de la suma de vectores que la camara da, para cada tiempo sobre cada punto de la muestra. Es decir, si elijo que el tiempo sobre cada punto de la muestra (sample time) sea 2 segundos, y el tiempo de exposicion de la camara sea de 0.2 segundos sumar 8 arrays de datos provenientes de la camara. A parte de sincronizar todo esto entre VIs con una especie de triggers improvisados dado que no encuentro otra opcion, he usado para  ello el concepto functional global variable (http://labviewwiki.org/Functional_global_variable), si ejecuto el VI del scanner se me ralentiza la adquisicion de datos. No funciona segun el tiempo de exposicion marcado si no que va mucho mas lento. He probado a correr los ejemplos sin variables que se compartan entre uno y otro programa y sucede lo mismo. No lo entiendo. Alguien tiene alguna explicacion?

Siento que sea tan farragoso. Gracias de antemano.